Se dice que de vez en cuando viene bien una rebelión, pero casi nunca suponen un cambio tan profundo como supuso la Reforma protestante del siglo XVI. Un teólogo alemán llamado Martín Lutero encendió la mecha al protestar por la indulgencia plenaria de la Iglesia católica, práctica que permitía a los ricos comprar, literalmente, comprar un billete para no pisar el infierno. Estas ideas calaron hondo en las crecientes filas de protestantes por toda Europa, y finalmente dieron lugar a un cisma religioso de la Iglesia. El Luteranismo no tardó en extenderse por todo el Sacro Imperio romano, las iglesias reformistas brotaron en Suiza y en los Países Bajos, y se formaron congregaciones presbiterianas en Escocia. Mientras tanto, Enrique VIII de Inglaterra fundó la Iglesia anglicana para divorciarse de su esposa y casarse con la joven Ana Bolena.

El libre pensamiento en las ciudades, la emergente clase media y el desafío del humanismo y la revolución científica a las "sagradas" escrituras debilitaron al catolicismo. Como suele pasar, la Reforma derramó ríos de sangre. La Guerra de los Treinta Años devastó Alemania y el intento del Sacro Imperio romano por reafirmar el catolicismo mató a entre un 25 y un 40% de la población. La guerra finalizó en 1648 con la firma de la Paz de Westfalia, otorgando a cada soberano el derecho a decidir la religión de su estado y a los cristianos de todo el mundo el derecho a practicar su fe en público (eso sí, a determinadas horas).

El cristianismo no es la única religión que ha sufrido un proceso de reforma. Con los movimientos reformistas del islam y el judaísmo han surgido nuevas ramas de la fe principal para adaptar la Iglesia "tradicional" a valores liberales y orientados a los derechos humanos. Estos movimientos se originaron a raíz de las distintas interpretaciones de los valores principales, acentuando la naturaleza evolutiva de sus prácticas y obligaciones. En la civilización moderna, todas las religiones quieren ser relevantes, por lo que han surgido movimientos similares en el budismo y el hinduismo.