Man sagt, eine kleine Rebellion ab und an sei eine gute Sache, aber selten führt sie zu einer so großen Veränderung wie die protestantische Reformation im 16. Jahrhundert. Der deutsche Theologe Martin Luther entfachte das Feuer, indem er gegen den vollkommenen Ablass der katholischen Kirche protestierte, der es den Reichen ermöglichen sollte, sich von der Hölle freizukaufen. Seine Ideen fanden Zuspruch unter einer rapide zunehmenden Zahl von Protestierenden in ganz Europa, was schließlich zu einer Spaltung der Kirche führte. Schon bald verbreitete sich der Lutheranismus im Heiligen Römischen Reich. In der Schweiz und den Niederlanden bildeten sich reformierte Kirchen, in Schottland entstanden presbyterianische Kongregationen. (Heinrich VIII. von England gründete indes die anglikanische Kirche, um sich von seiner Frau scheiden und die jüngere Anne Boleyn heiraten zu können.)

Eine Schwächung des Katholizismus trat bereits auf, als der Humanismus und die wissenschaftliche Revolution die "Heilige" Schrift in Frage stellten. Überall in den blühenden urbanen Städten verbreitete sich in der aufstrebenden (und entschlossenen) Mittelschicht das freie Denken. Wie so oft brachte diese Reformation eine Menge Blut mit sich, der Dreißigjährige Krieg verwüstete Deutschland und es starben geschätzte 25 % bis 40 % seiner Bevölkerung, als das Heilige Römische Reich versuchte, den Katholizismus wieder zu verankern. Der Westfälische Frieden von 1648 beendete schließlich den Krieg, indem er jedem Souverän das Recht zubilligte, die Religion seines Staates zu bestimmen, und dass die Christen, wo sie auch lebten, das Recht hatten, ihren Glauben in der Öffentlichkeit (zumindest zu festgelegten Zeiten) frei auszuüben.

Reformen der Religion sind allerdings nicht auf das Christentum beschränkt. Reformbewegungen im Islam und Judentum führten zu neuen Zweigen des ursprünglichen Glaubens. Bei diesen Reformen versuchten die Reformer, die traditionelle Kirche an liberale, an Menschenrechten orientierte Werte anzupassen. Diese Bewegungen entstanden aus Unterschieden bei der Interpretation von Kernwerten heraus, mit Betonung auf die sich entwickelnde Natur ihrer Verpflichtungen und Praktiken. Ähnliche Bewegungen sind im Buddhismus und Hinduismus entstanden, da diese Religionen Relevanz in der modernen Zivilisation suchen.