「秘密結社」ゲームモードは、ゲームの設定から有効にできます。有効にすると、強力で謎に満ちた新たな勢力が世界に影響を与えるようになります。

この世界では4つの秘密結社が暗躍しています。彼らに接触したいなら、蛮族の前哨地や原住民の集落、自然遺産、都市国家など、秘密結社が影響を及ぼしていそうな場所を探してみましょう。見つかるとは限りませんが、少しでも発見確率を高めたいなら、他のプレイヤーがまだ見つけていない秘密結社や秘密結社がまだ発見されていない大陸を探すとよいでしょう。

ミネルヴァの梟は、身分の高い人々や大富豪で構成されている秘密の団体だ。その関心は、政府、交易、諜報活動に向けられている。 現在 代表団がいない都市国家に 代表団を派遣すると、接触できるかもしれません。

ヘルメス教団は、異端の科学者と錬金術師で構成されている秘密結社だ。その関心は、科学、偉人、資源に向けられている。 自然遺産を発見すると、接触できるかもしれません。

虚無の歌い手は、古き邪神を崇拝しているカルト教団だ。彼らはこの世界の行く末に何の興味も抱いておらず、その関心は宗教、遺物、忠誠心に向けられている。 原住民の集落を調査すると、接触できるかもしれません。

緋の同盟に属する人々は、血への欲望によって結ばれている。その関心は、強力な軍事力に向けられている。 蛮族の野営地を攻略すると、接触できるかもしれません。

なお、他のプレイヤーに対する外交的視野が 「秘密」レベルに到達した場合は、そのプレイヤーが属している秘密結社との接触に自動的に成功します。接触後は、たとえその結社に加入しなくても、外交画面を開くことでその結社に属している指導者を確認できます。

秘密結社との接触に成功しても、それは始まりでしかありません。接触すると、都市に配属する必要がない、強力なボーナスが得られる固有の 総督が解除されます。総督を任命すると、その秘密結社の正式な会員になれます。ただし、いったん正式な会員になると、ゲーム終了まで脱会できなくなります。

同じ秘密結社に属しているプレイヤーとの同盟は、同盟ポイントをより早く生み出します。外交の場面では、同じ秘密結社に属しているプレイヤーからはより好感を持たれますが、別の秘密結社に属しているプレイヤーからは (属している結社を知られると) 嫌われます。

総督は4つのレベルアップを持ちます。これらのレベルアップは順番に解除されていきます。通常の総督のレベルアップと異なり、レベルアップの効果はその前のレベルアップを獲得するまで明かされません (驚かされるのが嫌なら、シヴィロペディアの説明を最後まで読んでおきましょう)。

秘密結社の計画は何十世代にも及ぶ遠大なものです。そのため、すべてのレベルアップをすぐに利用することはできません。2つめのレベルアップは、ゲームが中世に入ると利用可能になります。3つめのレベルアップは産業時代、最後のレベルアップは原子力時代になってようやく利用可能となります。