ゲームの設定画面で「波瀾の時代」モードを有効にできます。このモードを有効にすると時代スコアの獲得ルールが変更され、プレイヤーは積極的に戦い、技術や社会政策が時代遅れにならないようにしなければならなくなります。 英雄時代と公約はゲームからなくなります。 通常の時代は最初の時代に限定され、その後は必ず 暗黒時代か 黄金時代に進みます。どちらの時代もこれまで以上にゲームプレイに大きな影響を与えます。暗黒時代には都市が離反して自由都市になることもあります。

プレイヤーは必ず 暗黒時代か 黄金時代に進みます。黄金時代に入るための基準値は、 首都以降の保有都市1つにつき+3されます。黄金時代へ入るとこの基準値は5上がり、暗黒時代に入ると逆に10下がります。「波乱の時代」モードを有効にしていない場合と同じく、基準値は時代が変わる際に計算、確定されるので、時代の途中で値が変化する心配はありません。

時代が変わる際の公約の選択がなくなります。公約の効果によって時代スコアを獲得することはできなくなりますが、技術や社会制度を完成させるたびに時代スコア1が得られます。軍事ユニットが2つ目以降のレベルアップを獲得した場合も時代スコア1を得られます。歴史的瞬間から時代スコアを獲得することは引きつづき可能です。また、公約によるゲームプレイボーナスを得られないかわりに、より柔軟性の高い特別な社会政策を採用できます。

前の時代に 黄金時代へ入るために必要な時代スコアよりも多くの時代スコアを獲得した場合、余剰分は自文明の忠誠心への圧力に変換されます。時代スコア1ごとに忠誠心への圧力が5%増加します。50%に到達した後も圧力の獲得はつづきますが、得られる効果は下がっていきます。

黄金時代には、政府のワイルドカードスロットで強力な黄金時代の政策を採用できます。

暗黒時代には、政府のワイルドカードスロットで暗黒時代の政策を採用できます。暗黒時代の政策は強力ですが、副作用もあります。暗黒時代の政策には、通常のゲームと同じものだけでなく、効果が変更されているものやまったく新しいものもあります。

暗黒時代に陥ると、最低でも1つの都市が即座に反乱を起こして自由都市となります。付近の味方都市からの忠誠心への圧力が低い都市ほどこの危険性は高くなります (大抵の場合、そのような都市は帝国の外縁部に位置しています)。ただし、 首都が自由都市になることはありません。

暗黒時代に離反して自由都市となる都市の数は、難易度によって異なります。このモードでは、自由都市も他の都市の忠誠心に圧力を加えてくるので、屈伏させるのはこれまで以上に困難です。
開拓者: 人間プレイヤーが失う都市5%、AIが失う都市30%。自由都市からの圧力1倍。
族長: 人間プレイヤーが失う都市10%、AIが失う都市30%。自由都市からの圧力2倍。
将軍: 人間プレイヤーが失う都市15%、AIが失う都市25%。自由都市からの圧力2.5倍。
王子: 人間プレイヤーが失う都市20%、AIが失う都市20%。自由都市からの圧力3倍。
王: 人間プレイヤーが失う都市25%、AIが失う都市15%。自由都市からの圧力3.5倍。
皇帝: 人間プレイヤーが失う都市30%、AIが失う都市15%。自由都市からの圧力4倍。
不死: 人間プレイヤーが失う都市35%、AIが失う都市10%。自由都市からの圧力4.5倍。
神: 人間プレイヤーが失う都市40%、AIが失う都市10%。自由都市からの圧力5倍。