Le village sur pilotis de Kampong Ayer fut autrefois surnommé la "Venise de l'Orient". Depuis le XVIe siècle, cette ville est la capitale du sultanat de Brunei.

Bandar Brunei fut fondée sur la rive nord du fleuve Brunei par les premiers colons malaisiens qui s'aventurèrent dans la région au cours du VIIe siècle. Ce n'est qu'au début du XVIe siècle que la ville se transforma en port prospère, avec l'arrivée au pouvoir du sultan qui la débarrassa de ses nombreux pirates. Elle devint la troisième capitale du Brunei, après Kota Batu, puis les quarante-deux villages qui composaient la ville de Kampong Ayer, l'un des quartiers actuels de Bandar Brunei. Le problème d'une si belle ville est qu'elle attise les convoitises : son territoire fut contesté par plusieurs pays pendant la Seconde Guerre mondiale, avant de devenir un lieu de production pétrolière prospère et indépendant.