Zanzíbar forma parte de la Costa Swahili, de abundante actividad comercial, y lleva habitada desde que sus descubridores lograsen llegar hasta ella desde África, hace 20 000 años. Existen pocos registros que hagan referencia a la isla hasta la muerte de Mahoma en el 632. Fue entonces cuando mercaderes árabes, swahilis, indios y persas se instalaron en la isla, convirtiéndola en un importante puerto de las rutas comerciales con Asia. Zanzíbar también sirvió de base durante las incursiones en las costas del este de África en busca de esclavos.

Vasco de Gama llegó a la isla en 1498; cinco años después, una expedición lusa armada exigió un tributo al sultán a cambio de la paz, y en ese momento Zanzíbar pasó a formar parte del Imperio portugués. Cuando un barco británico ancló en la isla en 1591, su capitán se sorprendió al ver que los portugueses solo tenían una feitoria y no disponían de un fuerte o una guarnición.

Los portugueses evitaban los conflictos en la región para no perjudicar el cultivo de especias: clavo, canela, vainilla, nuez moscada y otras no tan valiosas. Los esclavos trabajaban en las plantaciones repartidas por toda la colonia y los barcos mercantes asiáticos y europeos llegaban a los puertos. Durante los dos siglos siguientes, los sultanes siguieron gobernando desde Stone Town (casco antiguo de la actual Ciudad de Zanzíbar) y los portugueses obtenían su parte de las ganancias.

Esta situación de semiautonomía llegó a su fin cuando los británicos quisieron acabar con el comercio de esclavos de los portugueses y los árabes. Tras varias décadas de negociaciones, amenazas y algún conflicto ocasional, la práctica se abolió en 1873 y la economía de Zanzíbar se colapsó. Los portugueses abandonaron la isla y Alemania, la otra potencia con intereses en la región, reconoció el "protectorado británico" de Zanzíbar en 1890. De forma unilateral, el Reino Unido puso fin al protectorado en 1963 y Zanzíbar formó Tanzania junto con Tanganica.