落成時會自動建成1到2個相鄰的運河區域。海軍單位現在可以通過運河奇觀單元格。經過此處的 貿易路線能夠從其目的地區域獲得成倍的金幣收益。

必須建在平原單元格上，相鄰的兩個單元格必須跨過建築單元格遙遙相對，並符合以下標準：其中一個相鄰單元格必須擁有相連至巴拿馬運河建造單元格的運河區域；另一個單元格則必須為城市、水域單元格或擁有另一個相連運河單元格。

一戰爆發不久，巴拿馬運河便於1914年8月15日正式啟用。這條水道從巴拿馬貫通而出，將大西洋與太平洋連接在了一起。人們早在西元十六世紀便提出了這一設想，但是在接下來的數百年中，經歷過數次失敗的嘗試，這條運河才最終建成。運河在巴拿馬地峽中延綿長達八公里，在美國的監督中竣工，而直到控制權在1999年移交巴拿馬之前，也一直都是在美國實際掌控下運作。

運河本身由數個人工開鑿的湖泊組成，每個湖泊由水閘系統互相分隔。利用水閘所隔出的不同船閘，便可以抬高或降低船隻，使其水位與下座湖泊的水位相符，之後船隻便可繼續航程順利通過巴拿馬運河。

現今，每年有大約一萬四千艘船隻會通過巴拿馬運河，每艘船將根據自身類型、大小與運送的貨物支付通行費。