术语“神秘主义”来源于一个意为“隐藏”的希腊术语。在希腊文明中，它指的是“秘密的”仪式…不一定是宗教的，因为它没有任何超自然的或神圣的隐含意义。但之后基督徒占有了这个词，于是它便用来指代“隐藏的”寓言式的圣经解释或“隐藏的”幽灵，如圣餐中的基督。此后基督徒再一次篡改了它的意思，用它来表示三个“神学”中神的相互交织的方面：圣经、礼仪和精神（或者对于非基督徒而言可以是冥想）。通常情况下，神秘主义者，有神论的或无神论的，都将他们的神秘经历看作是人类转变的一个阶段。

因此，到了充满神秘主义的文艺复兴时期，它可能被认为是实践、会话、文本、机构、传统和经验的最好的集合体，这一切的目的在于超越。具有讽刺意味的是，它还受到教会的谴责，而且许多被认为与神秘学密切相关的神秘主义者由于寻求转换至另一种存在状态而受到折磨和焚烧。后来，随着人类视野因启蒙运动而扩大，各种神秘主义的主线相互纠缠：基督教、犹太教、伊斯兰教、佛教、道教、印度教、密宗等等。新式东西的到来并没有把这些神秘的大火扑灭，反倒是给他们火上浇油。

心理学家，如卡尔·荣格，试图将科学的“真实性”与精神的神秘主义结合起来，从而搜索“未被发现的无意识自我的路径”，这能引导人“认识到自己的真实本性并且达到自己的真正目的”。当然，神秘主义者并没有十分明确的目标。不论是用否定方法所得（难以形容的）还是用肯定方法所得（可分享的）、不论是神通的（如犹太卡巴拉）还是神学的，不论是神秘主义者寻求“联盟”还是更高智力的一种“身份”，神秘主义一直持续到了21世纪。