桑给巴尔岛是商贸兴盛的斯瓦希里海岸的一部分，非洲人移民来到此地之后，2万年间这个岛一直有人居住。鲜有资料提及此地，直到公元632年穆罕默德去世。它的地理位置让其成为阿拉伯人、斯瓦希里人、印度人和波斯人贸易路线上的主要口岸。来自这三个国家的商人和其他人纷纷移居到桑给巴尔岛上生活。这个小岛同时也为东非沿岸的奴隶贸易提供了便利。

1498年达伽马的到访引起了葡萄牙人对桑给巴尔的兴趣，大约在1503年，葡萄牙派出一小支军队出征桑给巴尔，桑给巴尔自此成为葡萄牙帝国的一部分，当地的苏丹向葡帝国进贡以换取和平。葡萄牙对桑给巴尔的管理其实是很宽松的，1591年，当英国船只停靠在桑给巴尔岛时，船长发现竟然没有任何葡萄牙要塞或者卫戍部队驻扎在此，仅仅只有一个商站。

毫无疑问，葡萄牙人让这里的一切都保持平静的原因是因为岛上种植着各式香料：丁香、香草、肉桂、肉豆蔻，还有一些价值较低的香料。殖民地出现了很多在大种植园里工作的奴隶。同时，各种各样来自欧洲和亚洲的贸易船只也在港口进进出出。在接下来的两个世纪里，葡萄牙人削减了在此地的开支，苏丹继续统治着桑给巴尔石头城（现如今是桑给巴尔市的中心）。

随着英国结束了葡萄牙人和阿拉伯人的奴隶贸易，半自主状态也随之结束。经过几十年的谈判、威胁和偶尔的暴力冲突，终于，1873年签订的《盎格鲁-桑给巴尔条约》终止了这一切，桑给巴尔的经济随之崩溃。葡萄牙人撤军，1890年，对桑给巴尔地区很感兴趣的德国官方承认桑给巴尔成为“英国的保护国”。1963年12月，英国单方面终止了其保护国地位，桑给巴尔加入坦噶尼喀共同组成了坦桑尼亚。