Após séculos de isolamento forçado, nos últimos 150 anos o Japão se tornou uma das civilizações mais diligentes e influentes em termos econômicos e culturais. Enquanto os samurais em Edo estavam preocupados com kabuki, as xilogravuras do "mundo flutuante" e suas próprias políticas internas, cem anos depois, os artistas, arquitetos, estilistas e empresários japoneses estavam em posição de destaque no mundo. As antigas tradições do Wa (normalmente traduzido como "harmonia") foram substituídas, por bem ou por mal, pelo progresso e pelo lucro.

De acordo com o Kojiki, o primeiro livro escrito no Japão (por volta de 712 d.C.), o deus Izanagi e sua irmã Izanami, que nasceram depois dos cinco deuses primordiais, criaram as 434 ilhas do Japão – agitando os mares com uma grande lança, os pingos que caíam dela formaram a terra que os dois povoaram e onde geraram vários outros kami (deuses ou "essências espirituais"). A verdade provavelmente é muito mais prosaica; humanos atravessaram pontes de terra uns 40 mil anos antes de as ilhas terem se desligado da Ásia uns 29 mil anos depois. Em 660 a.C., havia uma civilização com um imperador supostamente descendente da deusa do sol Amaterasu.

A "história registrada" japonesa começa por volta do século III, embora existam referências inócuas antes disso, como as do livro chinês da Han posterior datadas de 57 d.C. Foi nesse Kofun-jidai ("período Kofun") que diversos clãs militares surgiram, mais notavelmente os Yamato que se tornarem dominantes – derramando muito sangue, sem dúvida – no centro-sul da principal ilha, Honshu. Depois de derrotarem e subjugarem todos, os Yamato, por fim, se declaram imperadores das ilhas unidas do Japão. Mas conforme o poder deles se esvaiu ao longo dos dois séculos seguintes, a autoridade da corte imperial foi corroída pelos ambiciosos daimiôs (algo como "senhores").

Durante os primeiros séculos sob os imperadores Yamato, os camponeses do Japão começaram a usar ferramentas de ferro para a agricultura e um cultivo mais avançado da terra, além dos campos encharcados no cultivo do arroz, um grão saboroso e altamente nutritivo que logo se tornaria o pilar da culinária japonesa. Essa maravilha agrícola permitia que menos camponeses produzissem um número maior de alimentos, liberando os daimiôs para dedicarem a mão de obra excedente a assuntos militares. Uma nova classe surgiu para se fixar na sociedade japonesa: os samurais ou "aqueles que servem". Logo, vários senhores tinham exércitos particulares. Foi nesta época que o Japão importou uma série de avanços tecnológicos de seus vizinhos, sendo o mais importante, talvez, a escrita da China; junto da escrita chinesa veio a religião, na forma do confucionismo. No século VI, o budismo apareceu também.

Os primeiros xoguns foram nomeados pelo imperador como Sei-i Taishogun ("Grande General Apaziguador dos Bárbaros", em português) para remover os emishi, ainu e outros nas ilhas que não aceitavam o governo imperial. O título tornou-se hereditário com o tempo e o xogum passou a ser o reconhecido líder militar da terra e o verdadeiro governante por trás do trono imperial. Não é preciso dizer que isso resultou numa série de brigas pelo cargo. Em 1185 d.C., os Minamoto matariam a maioria do clã Taira do xogum da época na Guerra Genpei. Os Minamoto logo estabeleceram um sistema feudal em leis, com o isolado imperador restrito a uma figura reverenciada, mas sem poder real.

Quando Minamoto Yoritomo morreu, a família de sua esposa – o clã Hojo – tomou o controle do xogunato. Entre outras coisas, os Hojo, sob o comando de Tokimune, derrotaram duas invasões mongóis, disseminaram o budismo zen e ajudaram a formular a forma final do código bushido. As invasões mongóis foram essenciais para duas coisas na história japonesa. Os japoneses ficaram horrorizados quando suas espadas quebravam ao atingirem as grossas armaduras de couro cozido dos mongóis, levando ao desenvolvimento da famosa katana por mestres espadeiros. E os valentes samurais enfrentavam inimigos não japoneses pela primeira de três vezes (as invasões da Coreia em 1592 e Ryukyu em 1609 sendo as outras); em geral eles só cortavam uns aos outros em pedacinhos.

O clã Hojo permaneceu no poder até 1333 d.C., quando o Imperador Go-Daigo lançou um golpe para devolver o governo à família imperial. Ele foi apoiado nesta empreitada por um grupo de aristocratas, além de vários clãs de samurais e alguns monges budistas militantes. Mas vários aliados importantes de Go-Daigo não ficaram contentes com sua fatia dos espólios e se rebelaram em 1336, afastando o imperador para o norte até as Montanhas Yoshino. Pelos próximos 60 anos havia duas cortes imperiais, a do norte e a do sul, com o controle do Japão dividido entre as duas. O imperador do sul continuou sendo uma figura sem poder, com o governo nas mãos do xogunato Ashikaga. As cortes imperiais foram reunidas em 1391, com o poder nas mãos do xogum Ashikaga Takauji.

Isso deu início a um período da história japonesa chamado de "Período dos Estados Combatentes" (ou sengoku, na terminologia formal) com 150 anos marcados pela agitação social, intriga política (misturada com alguns assassinatos) e quase constante conflito militar entre os exércitos particulares de samurais. Mas teve seus pontos altos. A engenharia de castelos magníficos – alguns deles ainda de pé – tornou-se uma arte; guerreiros japoneses tornaram-se proficientes com muitas armas, inclusive com mosquetes, depois que comerciantes europeus trouxeram armas de fogo e os ninjas apareceram pela primeira vez. Finalmente, o país foi quase unificado pelo brilhante Oda Nobunaga, que teve a infelicidade de ser traído e morto em 1582 d.C. por um de seus oficiais de maior confiança. Na sangrenta batalha que se seguiu, o daimiô vizinho e aliado de Nobunaga, Tokugawa Ieyasu – um dos samurais mais famosos – assumiu o título de xogum em 1603.

No meio de tudo isso, chegaram os europeus. Em 1543, um navio português a caminho da China acabou desembarcando na ilha de Tanegashima. Nos anos seguintes, comerciantes portugueses, espanhóis, holandeses e ingleses todos decidiram passar por lá e missionários jesuítas, dominicanos e franciscanos decidiram ficar e espalhar seu evangelho. O novo xogum tinha suspeitas de que a construção de postos mercantes e as igrejas eram apenas o começo da invasão europeia. Além disso, o cristianismo estava se espalhando rápido, especialmente entre os pobres camponeses. Em 1637, a Rebelião de Shimabara – formada por uns 30 mil cristãos (a maioria camponeses) e ronin (samurais sem um senhor) – foi reprimida por um enorme exército liderado pelo xogum.

Os xoguns estavam de saco cheio. O levante de Shimabara foi seguido pela primeira das assim chamadas Sakoku (leis de isolamento) sob Tokugawa Iemitsu, depois incrementada por seus sucessores. Missionários, comerciantes e estrangeiros de toda sorte – exceto por alguns holandeses e chineses confinados às ilhas de Dejima e Nagasaki – foram expulsos. O comércio com a Coreia foi limitado a Tsushima. Nenhum estrangeiro podia entrar e nenhum japonês podia sair, sob a pena de morte imediata. Os católicos foram expulsos, suas escolas e igrejas demolidas, e os daimiôs foram proibidos de se tornarem cristãos sob a pena de – nada surpreendente – morte (a punição japonesa padrão para quase qualquer transgressão).

Se a política de sakoku foi responsável ou não por isso, durante esses mais de 250 anos do xogunato Tokugawa, o Japão vivenciou um desenvolvimento social e cultural, além de relativa paz e estabilidade (mantida com a ponta da katana). A impressão em xilogravura do ukiyo-e produziu obras de arte magistrais, assim como o teatro de kabuki e bunraku. Alguma das composições mais famosas de koto e shakuhachi datam desse período. As gueixas surgiram do que eram simples artistas – de todo tipo – até se tornarem o auge da refinada feminilidade. O patrocínio das artes pelos samurais espalhou paisagens e arquiteturas elegantes por todas as ilhas. A estrutura social tornou-se rígida com um sistema em que cada um sabia qual era o seu lugar e suas responsabilidades; dos meros camponeses (cerca de 85% da população) aos 250 daimiôs. A punição por não ficar em seu devido lugar era severa... e imediata. Tudo passou a ser rigidamente ritualizado, do ato de tomar chá ao de matar a si mesmo.

O Japão estava indo bem até o almirante americano Matthew Perry chegar em 1853 d.C. Velejando pela Baía de Edo com as armas de seus quatro modernos navios de guerra, ele exigiu que o Japão liberasse o comércio com o ocidente sem restrições. No ano seguinte, Perry apareceu de novo, desta vez com sete navios, e obrigou o xogum a assinar o "Tratado de Paz e Amizade" sob ameaça dos canhões americanos. Em cinco anos, o Japão "conseguiu" tratados semelhantes com a maioria das potências ocidentais. A vergonha de ser superado pela força de um exército estrangeiro na inviolável porta da sua casa derrubou o xogunato, com o poder real voltando para o imperador.

O vigoroso e jovem Imperador Meiji, que assumiu o trono em 1867, iniciou um período de reformas radicais de cima a baixo em seu país, buscando colocar o Japão em pé de igualdade economicamente e militarmente com o ocidente, cujos navios de guerra velejavam pelas ilhas. Até 1912, o governo tinha abolido o feudalismo, colocado as terras da maioria dos daimiôs sob "controle imperial", devolvido boa parte destas aos camponeses, estabelecido a liberdade de culto, promovido o comércio e praticamente aniquilado com a classe dos samurais. De modo mais pragmático, o imperador encorajou a industrialização e estabeleceu uma monarquia constitucional baseada no modelo europeu. E em 1873, o Japão iniciou o alistamento obrigatório nacional, criando o Exército Imperial Japonês e a Marinha Imperial.

Com tanta eficiência, o Japão rapidamente ascendeu como uma grande potência da região e logo imitou outra tendência ocidental – a construção de um império colonialista. Em 1894 d.C., o Japão disputou o domínio da Coreia com a moribunda China; o Japão ganhou fácil, rendendo "independência" para Coreia, Formosa, Ilhas Pescadores e Península de Liaodong para si mesmo. Mas as potências ocidentais obrigaram o Japão a devolver esta última para a China, que imediatamente a alugou para a Rússia. O Japão ficou furioso e a resultante Guerra Russo-Japonesa deu ao Japão a oportunidade de mostrar que ele podia atropelar uma potência "ocidental". A Primeira Guerra Mundial deu ao Japão a chance de tomar as posses da Alemanha derrotada no Pacífico e na Ásia. O Japão depois começou a mordiscar a China e adentrou a Manchúria, o que deixou todos em alerta. Estimulados pela recessão e taxas ocidentais, militares totalitários assumiram o controle do governo. Até o fim da década de 30, as democracias ocidentais e o Império Japonês estavam em rota de colisão.

Com a indignação cada vez maior nos Estados Unidos por causa dos relatos de atrocidades japonesas na China, a ocupação da Indochina após a completa derrota da França pela Alemanha nazista e embates com a Rússia na Manchúria, não demorou até o Japão juntar-se à briga na Segunda Guerra Mundial com um ataque aos Estados Unidos e ao Império Britânico em 1941 d.C. No fiasco que se seguiu, depois do grande sucesso inicial, o Japão se viu levando a pior na Guerra do Pacífico, concluída em agosto de 1945 após a devastação atômica. Dessas cinzas, porém, e sob ocupação dos Estados Unidos, a nação ergueu-se novamente como uma hou-ou (fênix japonesa), tornando-se um dos líderes mundiais em economia, tecnologia e cultura.