Pierwszy uniwersytet powstał około 1100 roku, a instytucje tego typu do dziś zajmują się szkolnictwem tzw. „wyższym”. Wywodzą się one ze szkół katedralnych i klasztornych, które pojawiły się w VI wieku. Z wyjątkiem Uniwersytetu Paryskiego (założonego ok. 1150 r.) większość wczesnych uniwersytetów zakładali królowie i królowe – w Bolonii (1088), Oksfordzie (1167), Modenie (1175), Cambridge (1209), Padwie (1222), Krakowie (1364) i wielu innych jako alternatywę (i wędzidło) dla szkół katolickich. W przeciwieństwie (i sprzeciwie) do instytucji kościelnych, publiczne uniwersytety opowiadały się za wolnością akademicką. Pierwszym dokumentem, w którym została ona zadeklarowana, był wydany w 1155 Constitutio Habita na Uniwersytecie Bolońskim, który zapewniał liczne prawa i ochronę studiującym tam uczonym – ich gwarantem był Święty Cesarz Rzymski Fryderyk Barbarossa. Na uniwersytetach studiować można było wówczas prawo, medycynę, logikę, filozofię, niektóre nauki ścisłe i filologię klasyczną. Dziś młodzi naukowcy mogą otrzymywać stopnie naukowe w dziedzinie literatury buddyjskiej, bioinżynierii, a nawet projektowania gier.