Obecna rola wybrzeża Somalii wiąże się ze szlakami handlowymi biegnącymi przez Kanał Sueski ku subkontynentowi indyjskiemu. Region ten jednak miał ogromne znaczenie już w starożytności. W czasach rzymskich kupcy somalijscy i arabscy zniechęcali kupców indyjskich do odwiedzania portów na północ od Rogu Afryki, ponieważ znajdowały się one blisko rzymskich kolonii (chcieli zachować ten lukratywny rynek dla siebie). Mogadiszu było jednym z portów wolnych od tego typu wpływów, dzięki czemu miasto szybko stało się domem indyjskich kupców w Afryce. Poza dobrami z Indii i Rzymu somalijscy kupcy przewozili wzdłuż tzw. wybrzeża Suahili również sukno i inne towary z Fenicji, Egiptu, Grecji czy Persji. Sieci handlowe rozciągały się także na zachód do Sudanu i Etiopii. Ibn Chaldun, arabski filozof z XIV wieku, opisał Mogadiszu jako dobrze prosperujące miasto, które wciąż zachowywało zasadniczo koczowniczy charakter. Chaldun głosił ideę historycznego cyklu, w którym ludy koczownicze i ludy osiadłe trwały w stanie ciągłego napięcia, a Mogadiszu stanowiło przykład triumfu koczowników.

Gdy Włosi zdecydowali się – dość późno – dołączyć do innych europejskich mocarstw biorących udział w kolonialnym wyścigu, skupili się na Rogu Afryki. Pod koniec XIX w. Brytyjczycy „przyznali” im obszar współczesnej Erytrei (nazwa tego kraju, leżącego nad Morzem Czerwonym, pochodzi od starogreckiego słowa oznaczającego czerwień). Włosi próbowali podbić Etiopię (powstrzymał ich etiopski cesarz Menelik II) i nakłonili somalijskich sułtanów do podpisania dokumentu, dzięki któremu Somalia została włoskim protektoratem. Mogadiszu stało się wtedy na krótko włoskie, ale w latach czterdziestych XX wieku Włochy straciły Somalię na rzecz Brytyjczyków, którzy z kolei przekazali to terytorium Organizacji Narodów Zjednoczonych. Gdy w latach 60. Somalia zyskała niepodległość, Mogadiszu stało się jej stolicą.