Fondata su una collina davanti a un bellissimo lago nel Paleolitico, intorno al 500 a.C. Ginevra era una città fortificata dei Celti, che la abitarono finché non fu conquistata dai romani nel 121 a.C. Il controllo della città continuò a passare dall'uno all'altro di vari stati vicini finché, nel 1033 d.C., non passò nelle mani del Sacro Romano Impero germanico. A questo punto Ginevra era già un'importante sede ecclesiastica: il suo vescovo era un vassallo diretto del Sacro Romano Impero e godeva di possedimenti terrieri.

Dal momento che ai tempi la separazione tra Chiesa e Stato non era molto precisa, per i cinque secoli successivi i vicini duchi di Savoia e il papa cattolico si disputarono il controllo di Ginevra. Quando l'ultimo vescovo fuggì dalla città, nel 1533, i cittadini decisero di compiere una mossa arrischiata per liberarsi in un sol colpo dal dominio dei cattolici e da quello dei Savoia: nel 1536 Ginevra si alleò con lo stato protestante di Berna e dichiarò di seguire la fede riformata. La città rimase un bastione protestante per molti anni, sebbene all'inizio del XVII secolo una parte della sua popolazione si fosse riconvertita al cattolicesimo.

Col tempo Ginevra divenne un importante centro di ricerche e studi scientifici. Nel 1559 Giovanni Calvino fondò l'Accademia (più tardi Università di Ginevra) come seminario "umanista". Ben presto l'istituto attirò vari scienziati, che cominciarono a fare scoperte interessanti: per esempio il pioniere della geologia Jean-André Deluc, il poliedrico fisico ed erudito Firmin Abauzit e il naturalista Francois Huber. Nel 1909 l'università consegnò ad Albert Einstein il primo dei suoi dottorati honoris causa. Più recentemente Ginevra ha ospitato il lavoro di Werner Arber (premio Nobel per la medicina nel 1978) e di Felix Bloch, primo direttore del CERN, che ha sede in un quartiere periferico a nord-ovest della città. Per celebrare tutti questi progressi scientifici Ginevra ha aperto anche un museo, il Musée d'Histoire des Sciences.