Les combats théologiques sont le meilleur moyen de lutter contre la propagation des autres religions. Ils opposent des unités religieuses et ne peuvent être engagés que par les apôtres et les inquisiteurs. Vous n'avez pas besoin d'être en guerre avec une civilisation pour lancer un combat théologique contre l'une de ses unités, et cette décision ne déclenchera pas de conflit, même si elle pourra avoir des conséquences diplomatiques négatives en entraînant une baisse de la pression religieuse. Les unités religieuses exercent une zone de contrôle les unes sur les autres, ce qui limite leurs déplacements lorsqu'elles sont proches.

Les combats théologiques fonctionnent comme les combats militaires : une unité religieuse en attaque une autre, et elles s'infligent des dégâts en fonction de leur puissance. Les unités religieuses peuvent bénéficier de différents bonus de puissance, via les promotions, les doctrines, les bonus de contournement et de soutien des autres unités, la théocratie, la proximité d'un lieu saint rattaché à leur religion, ou encore si elles se trouvent sur le territoire d'une ville ayant adopté leur religion, et encore plus s'il s'agit de la ville sainte de celle-ci.

Une unité religieuse blessée subit une pénalité de propagation : elle convertit moins de fidèles. Si ses PV tombent à zéro au cours d'un combat théologique, elle meurt, et la pression exercée par sa religion diminue pour toutes les villes dans un rayon de dix cases. Cette réduction est égale à la puissance d'un apôtre en pleine santé, et la religion de l'unité victorieuse reçoit un bonus de même valeur. Si une unité religieuse est tuée par une unité militaire, la réduction de la pression s'appliquera dans toutes les villes présentes dans un rayon de six cases, et elle sera divisée par deux.

Les unités religieuses peuvent se soigner si elles se trouvent dans un lieu saint de leur territoire, quelle que soit la religion de celui-ci, ou sur une case adjacente. Le taux de guérison des unités religieuses équivaut au triple de la génération de foi du lieu saint. Certains aménagements peuvent aussi permettre de soigner les unités religieuses.

Les unités religieuses sont vulnérables aux attaques des unités de combat. Ces dernières peuvent les accuser d'hérésie lorsqu'elles se trouvent sur la même case, selon un fonctionnement similaire à celui du pillage d'une route commerciale.