Une fois la religion solidement implantée dans la civilisation, l'apparition de théologiens était inexorable. La théologie est une discipline philosophique ayant pour objet l'étude des questions religieuses en s'appuyant sur les textes sacrés, l'humanité et le "divin", le salut et l'eschatologie. En s'évertuant à être aussi pertinente et systématique que la science, bien qu'elle s'intéresse à la foi, la théologie a donné naissance à de nombreuses doctrines en "isme" : agnosticisme, athéisme, déisme, dualisme, monothéisme, panthéisme, polythéisme, animisme, ou encore totémisme. Bien qu'applicable à toutes les croyances, la théologie s'illustre particulièrement dans les religions abrahamiques, c'est-à-dire le christianisme, le judaïsme, l'islam et leurs dérivés.

Le philosophe Platon associait le terme de "théologie" à une réflexion sur les mythes. Celle-ci aurait pu avoir un modeste impact pédagogique, mais l'état rationnel finit par balayer le concept sous le tapis. L'association de la théologie et de la mythologie fit un bout de chemin avec les civilisations méditerranéennes, jusqu'à ce que les chrétiens ne s'offusquent et déclarent que la théologie était un moyen de rendre hommage au divin, d'embrasser sa "confession" et de la "prêcher". Ainsi, au début du Moyen-âge, les adeptes de la théologie s'appliquaient à faire une profession de foi logique et raisonnable, à l'expliquer par le biais du rationalisme et à la contextualiser à la fois dans le monde réel et spirituel. À la Renaissance, les théologiens redoublèrent d'efforts pour s'éloigner du mysticisme et être pris au sérieux par les autres disciplines académiques.

Vers la fin du Moyen-âge et le début de la Renaissance, la théologie était la matière la plus prisée de la plupart des universités. La "reine des sciences" représentait le point culminant du Trivium et du Quadrivium que les jeunes hommes se devaient de maîtriser. Le rôle prééminent de la théologie à l'université fut finalement remis en question durant le mouvement des Lumières, en particulier en Allemagne. De nos jours encore, on persiste à débattre des méthodes de la théologie, afin notamment de savoir si la discipline a une légitimité théorique et scientifique.