Une petite révolte de temps en temps serait une bonne chose, mais il arrive que certaines provoquent des changements radicaux dans la société. Ce fut le cas au XVIe siècle, lorsque le théologien allemand Martin Luther amorça la Réforme protestante pour s'opposer au commerce des indulgences de l'Église catholique, qui permettait aux riches de monnayer leur sortie de l'enfer. Le mouvement, qui conquit rapidement un grand nombre de protestants européens, prit de l'ampleur et conduisit à un schisme avec l'Église. Bientôt, le luthérianisme se répandit à travers le Saint-Empire romain germanique ; des églises réformées furent fondées en Suisse et aux Pays-Bas ; des congrégations presbytériennes firent leur apparition en Écosse et Henry VIII fonda en Angleterre l'Église anglicane, histoire d'arriver à ses fins avec Anne Boleyn.

Le catholicisme battait déjà de l'aile face à l'humanisme et à la révolution scientifique qui remettaient en cause les écrits "sacrés". De plus, la libre pensée dominait au sein de la classe moyenne émergente des grandes villes. Comme dans de nombreux cas similaires, cette réforme fit couler beaucoup de sang ; la guerre de Trente Ans fit des ravages en Allemagne, tuant de 25 à 40 % de sa population alors que l'Empire romain cherchait à réaffirmer le catholicisme. Mettant fin à la guerre en 1648, les traités de Westphalie stipulent que chaque souverain a le droit de déterminer la religion de son État et que les chrétiens, où qu'ils vivent, ont le droit de pratiquer leur foi en public (durant certaines heures, cela dit).

La réforme des religions ne concerna évidemment pas uniquement le christianisme. Des mouvements dans l'islam ou le judaïsme firent pousser de nouvelles branches dans leurs croyances respectives, grâce auxquelles les réformateurs firent en sorte d'adapter "l'église" traditionnelle aux nouvelles valeurs libérales, tournées vers les droits de l'homme. Ces tendances virent le jour en raison de différences d'interprétation des valeurs fondamentales, accentuant le caractère évolutif de leurs pratiques et obligations. Le bouddhisme et l'hindouisme furent confrontés à des phénomènes similaires, chacune de ses religions vieillissantes cherchant sa légitimité dans la civilisation moderne.