Ab der Renaissance werden Spione verfügbar. Ihr könnt Spione durch bestimmte Technologien und Ausrichtungen erhalten. Sie können in jeder Stadt ausgebildet, doch nicht mit Gold oder Glauben gekauft werden. Spione beginnen auf der Stufe 'Rekrut' und können durch erfolgreiche offensive Operationen oder die Gefangennahme eines gegnerischen Spions aufsteigen. Ab Stufe 2 können Spione auch Beförderungen erhalten.

Spione werden nicht wie andere Einheiten bewegt. Sie "springen" von Stadt zu Stadt, indem sie an Land, zu Wasser und in der Luft reisen und dafür jeweils eine eigene Reisezeit benötigen. Sie können sich jedoch nicht in Städte bewegen, die Euren Verbündeten gehören. Wenn ein Spion sich in einer Stadt eingerichtet hat, ist es möglich, ihn in einen bestimmten Bezirk zu schicken, um eine Mission auszuführen. Missionen können das Stehlen von Technologie-Bonussen, das Ausheben von Rebelleneinheiten oder einfach die Erhöhung der diplomatischen Sichtbarkeit sein. Jede Mission hat eine bestimmte Dauer und ein eigenes Ergebnis. Euer Spion kann getötet oder gefangengenommen werden. Oder er scheitert zwar bei seiner Mission, wird aber nicht entdeckt. Oder er wird selbst beim Erfolg der Mission nicht entdeckt.

Jede Zivilisation kann 5 Spione produzieren. Wenn Ihr als Katharina spielt, könnt Ihr 6 produzieren.

Das Geheimdienst-Gebäude, das auf dem Regierungsplatz gebaut wird, liefert einen zusätzlichen Spion und Kapazität für einen zusätzlichen Spion.