術語「神秘主義」源自希臘語「隱藏」。在希臘文明中，它指的是「秘密的」儀式 … 不一定是宗教的，因為它沒有任何超自然的或神聖的內涵。但之後基督徒佔有了這個詞，於是它便用來指代「隱藏的」寓言式的聖經解釋或「隱藏的」幽靈，如聖餐中的基督。此後基督徒再一次篡改了它的意思，用它來表示三個「神學」中神的相互交織的方面：聖經、禮儀和精神（或者對於非基督徒而言可以是冥想）。通常情況下，神秘主義者，有神論的或無神論的，都將他們的神秘經歷看作是人類轉變的一個階段。

因此，到了充滿神秘主義的文藝復興時期，它可能被認為是實踐、會話、文本、機構、傳統和經驗的最好的集合體，所有一切的目的在於超越。具有諷刺意味的是，它還受到教會的譴責，而且許多被認為與神秘學密切相關的神秘主義者由於尋求轉換至另一種存在狀態而受到折磨和焚燒。後來，隨著人類視野因啓蒙運動而擴大，各種神秘主義的主線相互糾纏：基督教、猶太教、伊斯蘭教、佛教、道教、印度教、密宗等等。新式東西的到來並沒有把這些神秘的大火撲滅，反倒是給他們火上澆油。

心理學家，如卡爾•榮格，試圖將科學的「真實性」與精神的神秘主義結合起來，從而搜索「未被發現的無意識自我的路徑」，這能引導人「認識到自己的真實本性並且達到自己的真正目的」。當然，神秘主義者並沒有十分明確的目標。不論是用否定方法所得（難以形容的）還是用肯定方法所得（可分享的）、不論是奇蹟的（如猶太卡巴拉）還是神學的，不論是神秘主義者尋求「聯盟」還是更高智力的一種「身分」，神秘主義一直持續到了21世紀。