神学战争是抵御其他宗教在地图上传播的最佳方式。只有使徒和审判官能够发动神学战斗并对抗其他宗教单位。无需发动战争即可和其他文明展开神学战争。发动神学战争不会引发战争，但却可能因宗教压力下降而出现负面外交后果。宗教单位能对其他宗教单位形成控制区，在接近时限制其移动力。

神学战争和军事单位的战斗并无二致，用一个宗教单位攻击另一宗教单位即可。造成的伤害将以其各自的战斗力进行判定。宗教单位能从升级、政策、其他单位的夹击和支援、以及“神权政体”政体中获得神学战斗力加成；处于或相邻于信仰其宗教的圣地中时也可获得加成；处于其宗教圣城的领土中时则可获得极大加成。

受伤宗教单位的传播宗教行动将受到减益，这意味着它所转换的追随者数量将变少。如果宗教单位的生命值在神学战斗中减少为0点，它会死去。用这种方式击败一个宗教单位后，在10个单元格内所有城市中被击败单位的宗教压力下降，下降量与一个生命值全满的使徒的攻击力相同，随后，获胜单位的宗教会获得同等量的提升。若宗教单位被敌方军事单位消灭后，6个单元格内城市中的宗教压力会下降，下降量减半。

停留在玩家领土中的圣地或与其相邻的单元格中时，宗教单位将治疗受到的伤害，而无视此圣地的宗教。宗教单位的生命值回复量等于此圣地信仰值产量的3倍。部分改良设施也可能用作宗教单位的回复来源。

宗教单位遭战斗单位攻击时防御力极弱。处于同一单元格时，战斗单位能够通过“审判异教徒”来与宗教单位对抗，方式与掠夺贸易路线类似。