Od VIII w. n.e. Samarkanda stanowiła jedną z nestoriańskich stolic metropolitalnych. Chrześcijaństwo było zakorzenione w tym regionie do tego stopnia, że według źródeł Algigidai, jeden z następców Czyngis-chana, ochrzcił się i zezwolił za swoich rządów na katolickie nauczanie.

Samarkanda leżała w samym sercu Jedwabnego Szlaku. Sławny podróżnik Ibn Battuta pisał o niej, że jest „jednym z największych i najwspanialszych miast, przyćmiewającym swoim pięknem wszystkie inne”. Jej historia jest bardzo długa – Aleksander Wielki podbił ją w 329 roku p.n.e., a następnie przez wieki miasto trafiało w ręce Persów, Mongołów i Turków. Chociaż w 1220 roku Czyngis-chan zniszczył Samarkandę, to w XIV wieku odbudował ją Timur Chromy, zwany też Tamerlanem. Timur był potomkiem chana i wojownikiem, który podczas swych podbojów nigdy nie poniósł porażki. Założył on dynastię i imperium Timurydów, a jego stolicą uczynił Samarkandę. Potomkowie Timurydów utworzyli w XVI wieku imperium Mogołów, które dominowało w Indiach przed przybyciem Brytyjczyków.

U szczytu swej potęgi Samarkanda była domem wielu różnych ludów i idei. Chociaż religią Timurydów był islam, a samarkandzkie meczety są znane na całym świecie, to zaratusztrianizm, chrześcijaństwo, buddyzm, hinduizm i manicheizm również miały w mieście swoje miejsce. W XIX wieku Samarkandę podbili Rosjanie. Pozostała częścią imperium rosyjskiego (a później sowieckiego) aż do chwili, gdy po upadku Związku Radzieckiego Uzbekistan zyskał niepodległość. Obecnie miasto jest ważnym węzłem transportowym oraz liczącym się ośrodkiem przędzalnictwa jedwabnego.