スパイはルネサンス時代から使用可能になります。スパイは特定の技術や社会制度によって獲得可能となり、都市で生産できますが、 ゴールドや 信仰力で購入することはできません。スパイのレベルは「新人」から始まり、攻撃的な作戦の成功や敵スパイの捕獲によって上がっていきます。レベル2になると、スパイはレベルアップを得ることができます。

スパイは他のユニットのようには移動しません。空路、海路、道路、徒歩によって都市から都市へ移動しますが、移動時間はそれぞれ異なります。また、同盟国の都市には移動できません。都市に配置したスパイは、特定の区域へ潜入させてミッションを開始させることができます。ミッションには、技術ブーストの奪取、反乱ユニットの生成、外交的視野の拡大などがあります。各ミッションにはある程度の時間を要し、それぞれ異なる成果が得られます。スパイは殺害または捕獲される可能性がありますが、ミッションに失敗しても発見されずに済むことや、発見されずにミッションを成功させることもあります。

1つの文明が獲得できるスパイ数は最大で5ですが、カトリーヌはその固有能力により6までスパイを保有できます。

政府複合施設に諜報機関を築くと、スパイの最大数が1増え、スパイを1人もらえます。