他の文明に宣戦を布告すると、それ以外の文明との関係にも悪影響が生じます。これは「好戦性ペナルティ」と呼ばれ、各文明の指導者たちが抱く不信感や恐れを表しています。戦争を宣言する方法としては、「正規戦争」が最も一般的です。正規戦争は好戦性ペナルティの基準でもあります。正規戦争では、まず相手文明に非難声明を出し、その後に宣戦を布告します。

後の時代になるほど紛争解決の手段としての戦争は受け入れられなくなっていくため、好戦性ペナルティは時代とともに増加します。また、戦争の種類によっても好戦性ペナルティは変動します。大雑把に言えば、宣戦を布告して都市を占領した場合はその時代の基本的な好戦性ペナルティを、都市を完全に破壊するとその3倍のペナルティを科されます。開戦事由 (詳しくは「外交」セクションの「開戦事由」をご覧ください) も好戦性ペナルティに影響を与えます。開戦事由によってはペナルティが軽くなる行動もありますが、逆に重くなる行動もあるので注意してください。開戦事由以外にも、核兵器の使用など、ある種の行動は好戦性ペナルティに影響を与えます。

戦争には別のはじめ方もあります。最初に敵対する文明を非難し、それから正式に宣戦を布告するというやり方です。これであれば好戦性ペナルティは増えませんし、開戦事由を利用して好戦性ペナルティを減らすことも可能です。ただし、他国を非難すると、その事実はすぐさま相手に伝わるため、奇襲のメリットを活かすことはできなくなってしまいます。