Qualcuno dice che un po' di ribellione ogni tanto fa bene, ma raramente da una scintilla si è scatenato un incendio paragonabile alla Riforma protestante del XVI secolo. Un teologo tedesco, Martin Lutero, diede fuoco alla miccia con la sua protesta contro le indulgenze plenarie, che consentivano ai ricchi di comprarsi letteralmente un biglietto per il paradiso. Ben presto il numero di questi "protestanti" crebbe, portando a uno scisma all'interno della chiesa cristiana. In poco tempo il luteranesimo si diffuse in tutto il Sacro Romano Impero; altre chiese riformate nacquero in Svizzera e Olanda, mentre in Scozia si imposero congregazioni presbiteriane. Più o meno nello stesso periodo, in Inghilterra, Enrico VIII fondò la chiesa anglicana per divorziare e soddisfare il proprio desiderio di sposare la giovane Anna Bolena.

In questo periodo il cattolicesimo era già indebolito dall'umanesimo e dalla rivoluzione scientifica, che avevano messo in dubbio l'infallibilità delle scritture sacre. Il pensiero libero si diffondeva a macchia d'olio nelle città, tra l'emergente e determinata borghesia. Come spesso accade, la Riforma scatenò fiumi di sangue: il tentativo da parte del Sacro Romano Impero di imporre il cattolicesimo con la forza portò alla guerra dei Trent'anni, che devastò la Germania uccidendo tra il 25% e il 40% della popolazione. Nel 1648 la Pace di Westfalia pose fine alla guerra stabilendo che ogni sovrano avesse il diritto di determinare la propria religione di stato e che in ogni paese i cristiani avessero il diritto di praticare la loro fede in pubblico (in orari specifici).

Ma la riforma religiosa non è un concetto limitato al cristianesimo. All'interno di Islam e giudaismo, i movimenti riformatori hanno portato a nuove branche della fede originale. In genere i riformatori hanno cercato di adattare la fede tradizionale a nuovi valori, più liberali e orientati ai diritti umani. Questi movimenti sono scaturiti da differenti interpretazioni dei precetti fondamentali della fede, partendo dal presupposto che l'interpretazione di pratiche e precetti sia in costante evoluzione. Movimenti simili hanno trasformato anche il buddhismo e l'induismo, in una fase in cui ogni religione cerca di guadagnare rilevanza nella civiltà moderna.