Depuis le VIIIe siècle, Samarcande était l'un des évêchés métropolites des chrétiens nestoriens. Les racines locales de leur religion étaient telles qu'Eljigidei, l'un des successeurs de Gengis Khan, se serait converti et aurait autorisé le catholicisme pendant son règne.

Samarcande était au cœur de la Route de la soie, décrite par l'écrivain Ibn Battûta comme "l'une des plus grandes villes, et la plus parfaite de toutes en beauté". Son histoire est longue : Alexandre le Grand en fit la conquête en l'an 329 avant notre ère, et elle passa entre les mains perses, mongoles et turques au cours des siècles suivants. Si Genghis Khan pilla la cité en 1220, elle revint à la vie au XIVe siècle sous Tamerlan, descendant du Khan et guerrier n'ayant jamais connu la défaite au cours de toutes ses batailles. Tamerlan fonda son propre empire à Samarcande, et les Timourides devinrent les ancêtres de l'Empire moghol, qui domina l'Inde avant l'arrivée des Britanniques.

À son apogée, Samarcande accueillait des peuples et des idées variées. Si l'Islam était la religion des Timourides et que les mosquées de la ville étaient réputées de par le monde, zoroastrisme, chrétienté, bouddhisme, hindouisme et manichéisme étaient tout aussi présents dans la cité. Samarcande fut prise par les Russes au XIXe siècle et resta sous leur emprise jusqu'à l'indépendance de l'Ouzbékistan à la chute de l'Union soviétique. En plus de son héritage, la ville reste aujourd'hui un nœud de transports et un centre mondial du tissage de la soie.