Dans l'imagination populaire, l'histoire inca prend fin avec l'exécution par Francisco Pizarro du dernier Sapa Inca (empereur), Atahualpa, en 1533, et l'histoire de l'Amérique du Sud après ce point est celle de provinces contrôlées par les Européens. Mais les descendants des Incas eurent aussi une histoire longue et compliquée dans les siècles ayant suivi Pizarro, et auraient même pu conserver leur indépendance si Túpac Amaru II était parvenu à ses fins.

Né José Gabriel Condorcanqui Noguera en 1738, Amaru était le fils d'un Kuraka quechua, magistrat régional et descendant de la lignée royale des Incas. Bien qu'étant né plus de deux siècles après le règne de ses ancêtres, Condorcanqui (qui ne s'appelait pas encore Amaru) lut des récits sur les Incas, s'identifia fortement à eux, et s'indigna de l'exploitation abjecte des ouvriers indigènes dans la vice-royauté du Pérou. Il décida alors qu'il n'avait pas d'autre choix que de se rebeller : il adopta le nom de Túpac Amaru II, d'après un autre descendant inca ayant pris la tête d'un soulèvement rapidement étouffé, et se déclara en révolte. Le combat d'Amaru peut être vu comme une première tentative de décolonisation, un mouvement combinant la justice sociale actuelle et un effort de reconstruction des systèmes ayant précédé l'arrivée des puissances coloniales. Amaru combattit pour de nombreux principes qui seraient plus tard au centre de bien des révolutions : l'abolition de l'esclavage, la redistribution des biens aux plus pauvres, la restitution des territoires indigènes et l'égalité entre indigènes, créoles et mestizos.

Orateur persuasif, Amaru sut rallier de nombreux Quechuas à sa cause et remporta facilement ses premières victoires, mais fut hélas trahi, capturé et exécuté de façon particulièrement brutale. La révolte d'Amaru inspira non seulement des mouvements indigènes en Équateur et en Bolivie, mais aussi des protestations créoles dans le Pérou colonial. Il reste aujourd'hui un personnage influent des mouvements anticoloniaux et de décolonisation, et le rappeur américain Tupac (Amaru) Shakur, dit "2Pac", lui doit son nom.