Portugal busca explorar el mapa para preparar el escenario para un imperio comercial marítimo, aprovechando sus ventajas en recursos costeros y exploración naval.

Conseguir una victoria con los portugueses depende de construir vastas redes comerciales y explorar las casillas costeras. Ten en cuenta que, para Portugal, las rutas comerciales internacionales se limitan a las que van por agua, por lo que Juan querrá construir las ciudades en la costa para maximizar los posibles puntos comerciales. Además, las ciudades costeras pueden aprovechar al máximo la Escuela náutica y dar producción adicional a las unidades navales, más Ciencia por casillas de Costa y Lago y puntos extra de Gran Almirante . Portugal querrá explorar el mapa al principio para encontrar emplazamientos futuros para su particular infraestructura, la Feitoria, que se construye mediante la unidad exclusiva portuguesa, la Nao. Portugal puede usar sus ganancias comerciales para impulsar cualquier tipo de victoria; sin embargo, debe evitar las guerras, ya que esos puertos tienen que permanecer abiertos.

Juan III –llamado "el Colonizador" o, quizá más benévolamente, "el "Piadoso"– fue rey de Portugal y Algarves de 1521 a 1556. Era el hijo mayor del rey Manuel I y María de Aragón. Desde que nació, su familia trató de encaminarlo hacia la excelencia: tuvo como profesores a eruditos que le enseñaron astronomía, astrología, teología, derecho y humanidades; y le dieron su propia casa para que la administrara a la edad de doce años. Tras algunos años de trabajo práctico en su haber, comenzó a ayudar a su padre con los deberes reales de verdad.

Juan iba a casarse a los dieciséis años con su prima hermana Leonor de Austria, pero su padre Manuel intervino y decidió que quería a Leonor para sí. Es comprensible que Juan se mostrara ofendido y más que molesto por todo ese calvario. Sin embargo, tras subir al trono en 1521, contrajo un matrimonio de conveniencia con Catalina de Austria, a la sazón hermana pequeña de su exprometida, Leonor.

Sufriendo mal de amores, se consagró a la religión. Es significativo que Juan patrocinara enfoques humanistas de la religión, como la Compañía de Jesús (los jesuitas). Algo menos loable fue que, bajo su ala, la Inquisición llegara al fin a Portugal, con resultados predecibles en la supresión de la libre investigación (pero con ello también se aseguró de que Portugal no tuviera movimiento protestante). La Inquisición estaba pensada para castigar cuanto la Iglesia consideraba problemático o blasfemo, incluido todo lo relacionado con la brujería, la bigamia (recuérdese al contemporáneo de Juan en Inglaterra –Enrique VIII– y su lucha con la Iglesia por su complicada vida amorosa), la literatura anticlerical y la desviación sexual. Juan (con el permiso del papa) nombró a su hermano, el cardenal Enrique, Gran Inquisidor y estableció tribunales en todos los territorios portugueses. La influencia de la Inquisición se hizo patente en otras partes de la cultura y la vida cotidiana portuguesas. Estos actos le valieron a Juan el sobrenombre de "el Piadoso".

En lugar de conquistar por las armas, Juan usó a menudo la diplomacia y concertó matrimonios ventajosos. Su hermana Isabel estaba casada con Carlos V, rey de España y emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, y desposó a su hija María Manuela con el rey Felipe II de España. Su hijo, el príncipe Juan Manuel, se casó con Juana de España y el vástago de ambos se convirtió en el rey Sebastián I. La tendencia común estaba clara: Portugal se aseguraba siempre un lugar independiente en la península ibérica pero estrechamente aliado en ella.

Juan descubrió que el imperio expansivo portugués era ineficiente y estaba plagado de deudas y corrupción. Al principio, trató de solucionar los problemas nombrando a nuevos gobernadores, con la idea de que mejores hombres darían mejores resultados, pero el problema era sistémico. Además, a veces los gobernadores "despedidos" se negaban a marcharse, sin más.

El verdadero impacto del reinado de Juan se vio en la expansión de sus redes comerciales. Se establecieron feitorias –campamentos comerciales fortificados– en Mombasa, Mozambique y otras partes de África, y Portugal adquirió Timor y las islas Maluku en el Sudeste asiático, Goa y Sri Lanka en Asia meridional, un puesto comercial en Nagasaki y Macao en Asia oriental. Además, con Juan, el Brasil portugués se convertiría en una colonia importante. Estas redes llevarían especias, azúcar, oro, fragancias y seda por todo el mundo. Menos loable es que Juan también traficó con esclavos, lo que llevó al rey congoleño Nzinga Mbemba/Alfonso I a escribirle una carta mordaz sobre las actividades de los traficantes de esclavos portugueses.

Hacia el final del reinado de Juan, tuvo problemas para encontrar a un heredero. De sus nueve hijos (nacidos de Catalina), solo dos pasaron de la infancia y ambos le premurieron. Al final, el trono se lo dejó a su nieto Sebastián a su muerte, en 1557.