神學戰爭是抵禦其他宗教在地圖上傳播的最佳方式。只有使徒和審判官可以發動神學戰爭，對抗其他宗教單位。不需要跟其他國家交戰也可以進行神學戰爭。這樣做並不會引發戰爭，然而卻可能因為宗教壓力降低而導致負面外交影響。宗教單位會對其他宗教單位發揮控制區影響，在距離靠近時限制對方的移動。

神學戰爭如同與軍事單位作戰一樣，只要使用宗教單位攻擊另一宗教單位就可以了。他們對彼此造成的傷害基於各自的攻擊力計算。宗教單位能從強化、政策、其他單位的側翼攻擊與支援加成、以及神權政體中獲得神學戰鬥力加成。如果他們位於或相鄰於信奉其宗教的聖地、或者位於信奉他們宗教的城市領土之中，也可獲得攻擊力加成。位於他們宗教聖城的領土之中時則可獲得極大加成。

受傷宗教單位的傳播宗教行動將受到減益，這意味著它轉換的追隨者將變少。如果宗教單位的生命值在神學戰爭中變為0點，則死去。用這種方式擊敗一個宗教單位時，10個單元格以內所有城市的宗教壓力將降低，降低量與一個生命值全滿的使徒的攻擊力相同，隨後獲勝單位的宗教會獲得相同數量的提升。宗教單位被敵對軍事單位消滅後，6個單元格以內城市的宗教壓力將降低，降低量減半。

若宗教單位停留在玩家領土中的聖地或與之相鄰的格位中，其便能治愈傷害，而無視聖地的宗教。宗教單位的傷害治愈量等同於此聖地信仰值產出的3倍。一些改良設施同樣可以用作宗教單位的額外治愈來源。

宗教單位對戰鬥單位的攻擊防禦力極弱。當戰鬥單位與宗教單位處於同一單元格時，戰鬥單位能透過「譴責異教徒」行動來對抗宗教單位，其方式與掠奪貿易路線相似。