行政長官能讓玩家以下列方式管理文明中的城市：
指定擁有獨特優勢與能力的行政長官來為其文明服務。
強化已指定的行政長官，藉此解鎖新的能力與效果。
指派已指定的行政長官至文明中的特定城市。
利用已指派的行政長官之特殊能力來讓該城市獲得多種特色效果。
利用已指派的行政長官來加快建立強大城市忠誠度的過程。

遊戲中有8種不同的行政長官可供招募和強化：
阿瑪妮「外交官」
梁「測量師」
馬格努斯「總務官」
莫克沙「樞機主教」
平加拉「教育家」
瑞娜「財務官」
維克托「城守」
易卜拉欣 「大維齊爾」（蘇萊曼一世的特色行政長官）

指定行政長官：
行政長官和其強化是透過使用行政長官職稱來取得。行政長官職稱會在遊戲過程中逐步解鎖，主要解鎖方式為透過市政樹解鎖，但同時也能透過市政廣場區域和其建築，以及建造「西印度交易所」奇觀來解鎖。指定行政長官後，玩家即可將其指派至城市來履行其職責。玩家的文明中僅可擁有一位單個種類的行政長官，而一次僅能指派一位行政長官至一座城市。

強化行政長官：
玩家亦可使用行政長官職稱來強化先前所指定的行政長官。每種行政長官都有獨特的強化樹。選擇一個強化來解鎖新能力後，行政長官在指派城市中完成就職後即可實施此能力。

行政長官效果：
行政長官能對其就職的城市帶來許多影響：
增加該城市對文明的認同度，藉此增加其 公民的忠誠度。
就職後於城市中發揮該行政長官的特殊能力。

就職上任：
行政長官到達城市後，必須等待一段時間才能掌握該城市的大權。在這段時間中，行政長官制定政策與法規、提出市政改革，以及在該城市建立權力和影響力。這段「過渡時期」的長度取決於行政長官自身。若特定行政長官在某座城市就職後離開，他們在該城市的就職時間將隨時間而衰退。經過要求的時間後，行政長官的特殊能力會開始生效。這些特殊能力不僅包括行政長官的基礎能力，也包括他們所擁有的強化。這些能力為被動能力（亦即無須玩家發動），也不是僅能使用單次的暫時性效果。

變更行政長官指派：
有時候在遊戲中玩家需要變更行政長官的指派地點。行政長官能隨時重新指派至不同城市，但請記住，行政長官指派至不同城市後將需要一段時間才能就職。如果重新指派的城市中已有一位行政長官，該行政長官將會離開城市並返回行政長官人才庫中，等待被指派至新的地點。

行政長官只能指派到其所屬文明下的城市，然而這當中有兩個例外，「外交官」行政長官不僅能在所屬文明下的城市就職，還可以被指派至城邦當中。鄂圖曼領袖蘇萊曼一世的特色行政長官「大維齊爾」則除了能指派至國內城市外，還可指派至其他文明的首都之中。然而，「外交官」及「大維齊爾」皆無法指派到玩家目前正在交戰的城邦中。