桑給巴爾島是商貿繁盛的斯瓦希利海岸的一部分，自古人設法從非洲通往島上以後的兩萬年來，此島始終有人居住。約632年穆罕默德去世以前，關於桑給巴爾的紀載甚少。但其地理位置讓它成為阿拉伯人、斯瓦希利人、印度人和波斯人貿易路線上的要點；這些族群的商人等紛紛移居桑給巴爾。這個小島同時也是東非沿岸的奴隸貿易的便利基地。

1498年瓦斯科•達伽馬的到訪引起了葡萄牙人對桑給巴爾的興趣，大約在1503年，葡萄牙派出一小支軍隊出征桑給巴爾，桑給巴爾自此成為葡萄牙帝國的一部分，當地的蘇丹向葡帝國進貢以換取和平。葡萄牙對桑給巴爾的管理其實是很寬鬆的，1591年，當英國船隻停靠在桑給巴爾島時，船長發現竟然沒有任何葡萄牙要塞或者衛戍部隊駐紮在此，僅僅只有一個商站。

毫無疑問，葡萄牙人讓這裡的一切都保持平靜的原因是因為島上種植著各式香料：丁香、香草、肉桂、肉豆蔻，還有一些價值較低的香料。殖民地出現了很多在大種植園裡工作的奴隸。同時，各式各樣來自歐洲和亞洲的貿易船隻也在港口進進出出。在接下來的兩個世紀裡，葡萄牙人削減了在此地的開支，蘇丹繼續統治著桑給巴爾石頭城（現如今是桑給巴爾市的中心）。

隨著英國結束了葡萄牙人和阿拉伯人的奴隸貿易，半自主狀態也隨之結束。經過幾十年的談判、威脅和偶爾的暴力衝突，終於，1873年簽訂的《盎格魯–桑給巴爾條約》終止了這一切，桑給巴爾的經濟隨之崩潰。葡萄牙人撤軍，1890年，對桑給巴爾地區很感興趣的德國官方承認桑給巴爾成為「英國的保護國」。 1963年12月，英國單方面終止了其保護國地位，桑給巴爾加入坦噶尼喀共同組成了坦桑尼亞。