신학 전투는 지도상에서의 종교 전파를 시도하는 다른 종교로부터 자신의 종교를 보호할 수 있는 가장 좋은 방법입니다. 사도와 이단심문관만이 다른 종교 유닛만을 대상으로 신학 전투를 시작할 수 있습니다. 다른 문명과 전쟁하고 있지 않더라도 신학 전투를 진행할 수 있습니다. 신학 전투만으로는 전쟁을 일으키지는 않지만, 신학 전투로 인한 종교 영향력 감소로 부정적인 외교적 결과를 초래할 수 있습니다. 종교 유닛은 인접한 다른 종교 유닛을 상대로 통제 지역을 강요하여 이동력을 제한합니다.

신학 전투는 종교 유닛끼리 상대하는 것 말고는 군사 유닛으로 진행하는 전투와 같습니다. 서로 자신의 전투력에 따라 피해를 입힙니다. 종교 유닛은 진급, 정책, 다른 유닛의 측면 협동 공격 및 지원, 신권 정치 정부, 자기 종교를 따르는 성지 내 있거나 인접한 경우, 자기 종교를 따르는 도시 영토 내에 있는 경우에 신학 전투력에 보너스를 받습니다. 자기 종교의 성도 영토에 있는 경우 막대한 보너스를 받습니다.

피해를 입은 종교 유닛은 종교 전파 행동의 효과에도 페널티를 받는데, 이는 더 적은 수의 신자 개종을 의미합니다. 신학 전투에서 종교 유닛 체력이 0으로 감소할 경우 사망하게 됩니다. 이런 방식으로 종교 유닛이 처치될 경우 10타일 내 모든 도시에서 사도의 최대 체력만큼 패배한 유닛의 종교 영향력이 감소하고, 승리한 유닛의 종교 영향력이 동일한 수치만큼 증가합니다. 종교 유닛이 적대적 군사 유닛에게 처치되는 경우, 6타일 이내의 도시에서 종교 영향력이 감소하고, 해당 종교 영향력은 반으로 감소하게 됩니다.

종교 유닛은 플레이어의 성지 내 또는 인접해 있는 경우 입은 모든 피해를 치료할 수 있습니다. 성지의 종교는 상관없습니다. 종교 유닛은 해당 성지의 신앙 생산량의 3배에 해당하는 피해를 치유합니다. 또한 일부 시설은 종교 유닛에게 대체 치유원의 역할을 하기도 합니다.

또한 종교 유닛은 전투 유닛의 공격에 취약합니다. '이단 비판'은 전투 유닛이 같은 타일에 있을 때 취할 수 있는 행동이며, 교역로를 약탈하는 것과 방식이 유사합니다.