Una volta che una civiltà ha prodotto una religione organizzata, inevitabilmente sopraggiungono i teologi. La teologia è una "disciplina filosofica che si occupa della speculazione religiosa e dell'apologetica", tutta concentrata su ciò che è sacro o divino, sul rapporto tra l'umanità e Dio, sulla salvezza e sull'escatologia. Nello sforzo di essere sistematica e applicabile come una scienza, la teologia ha dato origine a una serie di "ismi": agnosticismo, ateismo, deismo, dualismo, monoteismo, panteismo, politeismo, animismo, totemismo e così via. Per quanto il concetto si possa certamente applicare a tutte le religioni, la teologia è stata presente soprattutto nelle tre fedi abramitiche, e cioè giudaismo, cristianesimo e Islam, con tutti i loro rami collaterali.

Il filosofo Platone ha identificato il termine "teologia" con ciò che è mitico, che può avere una certa utilità pedagogica temporanea, ma che eventualmente dovrà essere eliminato dallo stato razionale della mente. Quest'identificazione di teologia e mitologia restò comune a tutte le civiltà del Mediterraneo finché i cristiani non se la presero e dichiararono che la teologia era un modo di proclamare il divino, di confessarsi a esso e di predicare tale confessione. Così, all'inizio del Medioevo la teologia diventò il tentativo dei fedeli di rendere la religione logica e ragionevole, spiegandola in termini razionali e inserendola nel contesto del mondo "reale" oltre che spirituale. Nel Rinascimento i teologi fecero ogni sforzo per distanziarsi il più possibile dal misticismo e farsi prendere sul serio dalle altre discipline accademiche.

Alla fine del Medioevo e all'inizio del Rinascimento la teologia era il percorso di studi più prestigioso nella maggior parte delle università, godendo dell'appellativo di "regina delle scienze" e di un posto d'onore nel Trivium e Quadrivium che i giovani istruiti avrebbero dovuto padroneggiare. Il suo posto preminente nel curriculum universitario cominciò a essere messo in discussione durante l'Illuminismo, specialmente in Germania. Da quel momento la maggior parte delle discussioni ha riguardato la diatriba se i metodi della teologia siano appropriatamente scientifici.