Au début du jeu, vos unités terrestres ne peuvent pas se déplacer sur l'eau. Toutefois, une fois la navigation à voile découverte, les bâtisseurs pourront se déplacer sur les eaux côtières. Avec la navigation astronomique, les négociants seront en mesure d'embarquer, ce qui sera ensuite le cas de toutes les unités grâce à la construction navale. Pour faire embarquer une unité, déplacez-la sur une case côtière et cliquez sur l'action "Déplacer vers" ; elle pourra alors se déplacer sur les cases d'eau.
Les unités terrestres embarquées sont considérées comme étant transportées, et ne profitent donc pas des mêmes compétences de combat que sur la terre ferme. Elles voient également leur puissance de combat réduite et ne peuvent se soigner qu'en eaux alliées, ce qui les rend bien plus vulnérables en cas d'attaque.