En la configuración de la partida, los jugadores pueden activar el modo de juego de las sociedades secretas, que introduce nuevas fuerzas poderosas en el mundo.

En el mundo, hay cuatro sociedades secretas operando en la sombra. Para trabar contacto con una de ellas, busca por donde pueda esconderse su influencia: Puestos bárbaros, Aldeas tribales, Maravillas naturales o ciudades-estado. No se garantiza que la descubras, pero es más probable descubrir una sociedad que otros jugadores no hayan descubierto o en continentes donde no se haya descubierto sociedad alguna.

Los Búhos de Minerva son un grupo secreto de individuos adinerados y bien situados. Se centran en el gobierno, las rutas comerciales y el espionaje. Intenta contactar con ellos llevando Enviados a ciudades-estado en las que no tengas Enviados ahora mismo.

La Orden hermética es una sociedad de alquimistas y científicos poco ortodoxos. Su trabajo se centra en la ciencia, los grandes personajes y los recursos. Intenta contactar con ellos descubriendo Maravillas naturales.

Los Cantores del Vacío son un culto nihilista a los oscuros dioses antiguos. Se centran en la religión, las reliquias y la (des)lealtad. Intenta contactar con ellos investigando Aldeas tribales.

El Pacto de sangre comparte un apetito enfermizo por la sangre. Se centra en crear unas fuerzas armadas poderosas. Intenta contactar con ellos capturando Campamentos bárbaros.

Como alternativa, alcanzar el nivel secreto de visibilidad diplomática de otro jugador te pondrá en contacto de manera automática con la sociedad secreta de la que sea miembro. Cuando contactes con una sociedad, aunque no entres en ella, verás qué otros líderes pertenecen a esta si visitas la pantalla de Diplomacia.

Contactar con una sociedad secreta es solo el primer paso. Con ello desbloqueas a un Gobernador exclusivo que tiene grandes bonificaciones y que no hace falta que asignes a una ciudad. Para ser un miembro de pleno derecho de la sociedad, nombra al Gobernador correspondiente. Cuando te hagas miembro de una sociedad, pertenecerás a ella durante el resto de la partida.

Las alianzas con jugadores que son miembros de la misma sociedad generan puntos de Alianza con más rapidez, y esos jugadores tendrán una opinión mejor de ti en la diplomacia. No obstante, a los jugadores que sean miembros de otra sociedad les caerás peor cuando descubran tu afiliación.

Cada Gobernador tiene cuatro ascensos que se desbloquean de manera secuencial. A diferencia de los ascensos normales de los Gobernadores, el efecto de un ascenso no se revela hasta que se gana el ascenso anterior (si prefieres no llevarte una sorpresa, sigue leyendo la Civilopedia).

Las sociedades secretas necesitan distintas generaciones para elaborar sus planes, por lo que no todos los ascensos están disponibles de manera inmediata. El segundo está disponible cuando la partida entra en la Edad Media. El tercero, en la Revolución Industrial. Y el último, en la Era Atómica.