玩家可以在游戏设置中开启“秘密结社”模式，为世界带来神秘而强大的力量。

世界上隐藏着4个暗中运作的秘密结社。深入挖掘其散播影响力之处便有机会进行接触：蛮族哨站所、部落村庄、自然奇观或城邦。玩家并不一定能够发现秘密结社，但在以下情况中找到几率较高：寻找其他玩家尚未发现的秘密结社、或在尚未发现秘密结社的大陆上进行寻找。

“弥涅耳瓦夜鹰”是身居高位的权贵和富人组成的秘密结社。他们侧重于政治、贸易及间谍。 尝试联络的方法是将 使者派遣至当前尚未派驻 使者的城邦。

“黄金黎明协会”是异端科学家和炼金术士组成的结社。他们专注于科技、伟人及资源。 尝试联络的方法是发现自然奇观。

“虚空吟唱者”是崇拜黑暗旧神的虚无主义教会。他们侧重于宗教、遗物及忠诚度。 尝试联络的方法是调查部落村庄。

“血色契约”对鲜血充满了病态的饥渴。他们侧重于强大的军事力量。 尝试联络的方法是占领蛮族营地。

此外，与另一文明的外交能见度达到 “机密”等级后，将自动联络到此玩家的秘密结社。与结社进行联络后，即使您未加入，也可以在“外交”页面中查看哪些领袖是该结社的成员。

与秘密结社进行联络只是第一步。此举将解锁一位拥有强大加成的 总督，其无需派驻到城市中。要成为秘密结社的正式成员，则需要指定相应的总督。一旦成为秘密结社的成员后，在整场游戏中便不能更换。

与同一结社的文明结盟后，同盟点数将更快生成。这些文明在外交方面也更为友好。但如果文明知悉你加入了其他结社，便会对你心生厌恶。

每个 总督可逐步解锁4个升级。与普通的总督升级不同，获得前一个升级之后才能知晓下个升级的效果。（如希望提前得知，请详细阅读文明百科。）

秘密结社需要经历数代人才能实现目标，因此全部升级并非立即可用。第二项升级在游戏进入中世纪后可用；第三项升级在工业时代可用；最后一项升级则在原子能时代可用。