エイレナイオスは西暦125年頃、小アジアの古代都市スミュルナに生まれた。古代のキリスト教の教父たちの多くが改宗して信徒になったのに対し、彼は生まれながらのキリスト教徒だった。ローマ皇帝マルクス・アウレリウスがキリスト教を弾圧していた頃、エイレナイオスはガリアのルグドゥヌム (現在のリヨン) で司祭となる。その聡明さから「哲人の王」と呼ばれたアウレリウスだが、賢い彼にはキリスト教への懸念がいくばくかあったのだろう。

司教になってからのエイレナイオスの生涯についてはよくわかっていないが、信徒に対する神父としての活動と宣教師としての活動を別々におこなっていたようだ。そして執筆にも多くの時間を費やした。著述内容のほとんどは、異端であったグノーシス主義に対する痛烈な批判だった。グノーシス主義はカトリック教会が急速に拡大する中で流行を見せた思想で、二元論を標榜し、信徒個々人による状況倫理の実践を唱えていた。エイレナイオスが著したグノーシスへのヒステリックな批判の中で最も知られるのが『異端反駁』であり、同書でエイレナイオスは、司教の地位、聖書、宗教上の慣例というカトリックの要素を強調しながら詳細な批判を繰り広げた。聖書を解釈するにあたって最も「安全な」手引きは、十二使徒の直系の後継者である司教たちからしか得られない、と彼は論じている。エイレナイオスの反駁の書は、キリスト教の正統性と、当時発展しつつあったローマ教皇の地位を至上とする教義の確立に貢献した。

エイレナイオスについて残された最後の記録は、西暦190年または191年のものである。彼は教皇ウィクトル1世に、復活祭 (イースター) をいつ祝うかで論争の的となっていた小アジアのキリスト教会を破門しないよう働きかけたという。エイレナイオスは西暦200年頃に世を去った。その死は殉教として扱うのが慣わしになっているが、実際のところは自然死以外の原因で死亡したとする記録はない。